U ranim danima biblijske arheologije, postojao je veliki optimizam da će nova nauka potvrditi postojanje Mojsija, dokazujući da je zaista došlo do velike migracije ljudi iz Egipta, koji su osvojili Hanan i tamo se naselili. Ovaj preuranjeni optimizam je razbijen stvarnošću koju su otkrila kasnija iskopavanja. Šta je istina?

U knjizi „Iskopana Biblija“ koju su napisali jevrejski arheolozi Izrael Finkelštajn i Nil Ašer Silberman, svaka iluzija je eliminisana, detaljno potvrđujući priču o Egzodusu:
„Proces koji ovde opisujemo je, u stvari, suprotan onome što imamo u Bibliji: nastanak ranog Izraela bio je rezultat kolapsa hananske kulture, a ne njen uzrok. I većina Izraelaca nije došla izvan hananskog područja – oni su se pojavili iz njega. Nije bilo masovnog egzodusa iz Egipta. Nije bilo nasilnog osvajanja Hanaana. Većina ljudi koji su formirali rani Izrael bili su meštani – isti ljudi koje vidimo u planinama tokom bronzanog i gvozdenog doba. Prvi Izraelci su bili – ironija – sami Hananci! “

Njihov zaključak je bio težak udarac onima koji su verovali da je Mojsije bio stvarna osoba. Ali pitanje postojanja proroka – da li je on bio stvarni čovek koji je živeo u to vreme ili samo izmišljeni lik koga je Biblija nametnula na postojanje – nije lako definisati.

Biblijska priča o velikom čoveku puna je kontradikcija i zagonetki. Za razliku od priče o Josifu, koja ima jasan početak, sredinu i kraj, Mojsijeva naracija je donekle nepovezana. U početku smo navedeni da poverujemo da je on prvorođeni; da bi se kasnije otkrilo da ima stariju braću. Rečeno nam je da ga je usvojila egipatska princeza, ali se ne daju nikakvi detalji o njegovom detinjstvu. Jedini izveštaj o njegovoj smrti je skiciran prilično nejasno, i niko ne zna gde je sahranjena jedna od najznačajnijih ličnosti u ljudskoj istoriji. Ove misterije su navele neke naučnike da sumnjaju u njegovo postojanje.
Verujemo da je Mojsije bio stvarna osoba čije je poreklo vređalo potomke Levija (Jakovljevog trećeg deteta), i da su ovi levitski učenjaci uredili Toru (prvih pet knjiga Biblije: Postanje, Izlazak, Levitski zakonik, Brojevi i Ponovljeni zakoni) za svoje potrebe.
Nesposobni da objasne egipatsko obrazovanje koje je stekao, kao ni minimalne detalje o Mojsijevim drugim pojavljivanjima, naučnici su bili primorani da prikriju njegovo porodično stablo.
Da je istina da je Mojsije pripadao Josifovom domu ikada bila otkrivena, književnici bi bili lišeni svojih svešteničkih privilegija, koje su bile prilično značajne u to vreme. Bilo je imperativ da veliki prorok ne samo da bude iz njihovog doma Levija, već da bude „viđen“ kao deo njega.
Naravno, u svom očaju, naučnici koji su lutali među detaljima Tore nisu pomislili da će „ručeći“ svetom knjigom, jednog dana, posle hiljada godina, te tačne promene ubediti naučnike da je Mojsije samo mit.
U Madijanu (mesto gde je Mojsije proveo 40 godina u izgnanstvu)
Ako želimo da hronološki rekonstruišemo događaje, deca Izrailjeva su proterana iz Egipta zbog ubistva Josifa. Mojsije je rođen od Asenete, Josifove udovice, i odrastao je kao sveštenik u hramu u Heliopolju, gde je mnogo godina ranije faraon Ehnaton stvorio monoteizam. Rođen nakon proterivanja, Mojsije je bio jedini Izraelac koji je ostao u Egiptu. Da li je ovaj osećaj singularnosti u njemu usadio psihološku sklonost ka egipatskom monoteizmu?
Egipatski istoričar Maneto verovao je da je Mojsije povezan sa opasnim verovanjima. Egipćani su monoteizam doživljavali kao veliku pretnju; religiju koja bi uništila njihove brojne bogove. Da li je Mojsije primio verovanje u jednog Boga od sveštenika Heliopolja ili od boga Jetra (Mojsijevog tasta), odnosno direktno od Boga? Leviti su glasali za Boga. Sigmund Frojd je favorizovao sveštenike Heliopolja u svojoj knjizi: „Mojsije i monoteizam“.

Mojsije je bio egipatski sveštenik, ali za razliku od Jotara, koji je imao istu vrstu obuke, Mojsije nije imao ograničenja u svom obrazovanju. Monoteizam Ehnatona nije nešto što su sveštenici Heliopolja mogli da otkriju Jotaru. Koliko god da je bio talentovan – ipak je bio stranac. Nasuprot tome, Mojsije je bio unuk prvosveštenika.
Tokom ovog perioda (oko 20 godina), Mojsijeva hebrejska porodica živela je u oazi Madijam, pod vlašću svog prvosveštenika, Jotara. Mojsije nije imao kontakt sa njima. Tek nakon što je dostigao punoletan uzrast, postao je general u faraonovoj vojsci i uspešno povratio Etiopiju, a zatim napustio Egipat (više detalja ovde). Razlog njegovog odlaska je možda bilo rođenje novog faraona koji „nije poznavao Josifa“.
Frojd teoretiše da su postojala dva čoveka koja su uzela ime Mojsije. Prvog Mojsija su u Heliopolisu odgajili njegova majka, Aseneta, i njegov otac, prvosveštenik. Druga osoba je bio mađioničar Jotar, koji je imao motiv, sredstva i priliku da uspešno ubije prvobitnog proroka, ukrade mu identitet i povrati ono što je verovao da mu pripada kao vođi Jevreja.