Srednji vek bio je period čestih epidemija koje su pogađale teritoriju današnje Srbije, ostavljajući dubok trag na njenom stanovništvu, ekonomiji i društvenom uređenju. Nedostatak medicinskog znanja, loši higijenski uslovi i ograničeni resursi za lečenje činili su zarazne bolesti smrtonosnim neprijateljem.

Jedna od najpogubnijih zaraznih bolesti tog vremena bila je kuga, poznata i kao „crna smrt“. Ova bolest harala je Evropom u XIV veku, a nije zaobišla ni srpske zemlje. Smatra se da je kuga stigla preko trgovačkih puteva, najverovatnije iz obalskih gradova Jadrana, i brzo se širila unutrašnjošću. U vreme cara Dušana (1331.–1355.) i njegovih naslednika, epidemije kuge desetkovale su stanovništvo, ostavljajući naselja prazna i doprinosile slabljenju države. Prema nekim procenama, u Evropi je između 1347. i 1351. godine umrlo između 30% i 60% stanovništva, a sličan procenat mogao se primeniti i na srpske zemlje. Velike epidemije su posebno pogodile gradove i trgovačke centre, dok su se u ruralnim krajevima stanovnici lakše izolovali i tako smanjili rizik od zaraze. Hronike tog vremena beleže da su čitava sela ostajala napuštena, a crkve i manastiri su služili kao privremena utočišta za obolele i preživele.
Velika smrtnost od kuge tokom XV veka pogodila je i velike centre kao što su Novo Brdo, Rudnik i Srebrenica. Kuga se ponovo vratila Otomanskom opsadom Beograda 1456. godine. Pored kuge, konstantna opasnost pretila je od malih boginja, koja je takođe ubila hiljade.

Pored kuge, česte su bile i epidemije boginja, lepre (gube) i tuberkuloze. Guba je bila posebno problematična jer se smatrala neizlečivom, te su oboleli često bili izolovani u posebnim kolonijama, poznatim kao gubavci. Ovakve kolonije postojale su i na teritoriji srednjovekovne Srbije, a jedna od najpoznatijih bila je u blizini manastira Studenica. U nekim slučajevima, gubavci su morali da nose posebna zvona ili rogove kako bi upozorili zdrave ljude na svoje prisustvo. Strah od zaraze bio je toliko jak da su oboleli često bili proterivani iz naselja i prepušteni sami sebi. Dokumenti iz tog perioda ukazuju na to da su pojedini srpski vladari, poput despota Stefana Lazarevića, podržavali osnivanje bolnica i ustanova za brigu o obolelima.

Osim pomenutih bolesti, srednjovekovnu Srbiju su pogađale i epidemije dizenterije, tifusa i kolere. Posebno u vremenima ratova i gladi, kada su higijenski uslovi bili na najnižem nivou, ove bolesti su odnosile ogroman broj žrtava. Na bojnom polju, infekcije su bile gotovo podjednako smrtonosne kao i sami sukobi. Tokom bitke na Kosovu 1389. godine, mnogi ratnici su, prema zapisima, umirali ne samo od povreda, već i od zaraznih bolesti koje su se širile u vojnim logorima. Ratnici koji su preživeli bitke često su umirali od rana zaraženih bakterijama ili od bolesti koje su se širile u prenatrpanim logorima.
Međutim, ove posebne bolesti (npr. kuga) napadaju samo meka tkiva i ne ostavljaju skeletne dokaze o njihovom prisustvu. Od zaraznih bolesti koje pogađaju skelet, u srpskim istorijskim dokumentima ima svega nekoliko zabeleženih. Venerički sifilis i način njegovog prenošenja pominje se prvi put u 15. veku u srpskom prevodu latinskog farmakološkog teksta Liber de simplici medicina dictus Circa Instans.

Što se tiče porekla sifilisa, postoji više teorija. Među prvim jeste da je Kolumbo sa svojom posadom, nakon otkrića Amerike, doneo sifilis u Evropu. Druga pretpostavka je da je sifilis već postojao u Evropi, a da ga je Kolumbo preneo u Ameriku. Dok je treća pretpostavka da je bolest postojala pre Kolumba i u Starom i u Novom svetu.
Endemska malarija i njeno lečenje opisani su u Hilandarskom medicinskom kodeksu, medicinskom rukopisu napisanom u 14–15. veku. U ovoj istoj hronici se spominje da je guba (lepra) na Balkanu došla pre 9. veka nove ere, a od 1406. godine u srednjovekovnoj Srbiji osnovane su mnoge bolnice za gubavce.
Među najčešćim patologijama u srednjovekovnoj Srbiji javljaju dentalna oboljenja i to karijes i veliki broj zaživotno izgubljenih zuba. Potom ih prate degenerativne promene na zglobovima i prelomi kostiju, kao i metabolički poremećaji, zatim promene izazvane krvnim poremećajima i uglavnom se na poslednjem mestu javljaju infektivna oboljenja (specifična (npr. tuberkuloza, sifilis, lepra) za koje se zna uzrok i nespecifična za koje se ne zna).
Velika učestalost dentalnih oboljenja ukazuje na nisku stopu oralne higijene, ali se može objasniti činjenicom da su srednjovekovne populacije svoju ishranu bazirale uglavnom na ugljenim hidratima.
Što se tiče nekih metaboličkih poremećaja koji ostavljaju tragove na lobanji i dugim kostima u vidu sitnih rupica, uglavnom se njihov nastanak dovodi u vezu sa lošim higijenskim uslovima, promenama u nutricionim navikama, ishranom siromašnom gvožđem i sl.
Degenerativne promene na zglobovima ukazuju na intezivniji fizički rad ljudi. Poznato je da su se srednjovekovni ljudi od malih nogu bavili težim fizičkim poslovima. Određenim poslovima su se bavile žene i muškarci, što je dovodilo do različitih bolesti zglobova kičme, kukova, ruku ili nogu.
Na osnovu rezultata istraživanja može se zaključiti da je reč o tipičnim poljoprivrednim zajednicama čiji patološki profil ukazuje na teške i loše životne standarde.
Lečenje obolelih
Zanimljivo je da su manastiri igrali ključnu ulogu u lečenju obolelih. Pored duhovne podrške, monasi su primenjivali razne biljne lekove i medicinske tretmane dostupne u tom periodu. Srpski srednjovekovni lekari oslanjali su se na saznanja iz vizantijske i arapske medicine, koristeći lekovito bilje poput hajdučke trave, žalfije i nevena. Manastir Hilandar imao je jednu od najorganizovanijih bolnica tog vremena, gde su monasi prepisivali medicinske traktate i koristili lekovite mešavine u tretmanu pacijenata. Pored toga, manastiri su bili prvi centri obrazovanja gde su se prepisivale i čuvale knjige o medicini i lečenju različitih bolesti.
Takođe, prvi karantini u srpskim zemljama uspostavljeni su u blizini većih trgovačkih centara, kako bi se sprečilo širenje bolesti među stanovništvom. Karantinske mere su podrazumevale izolaciju putnika i robe koja je dolazila iz zaraženih oblasti, a ponekad su gradovi potpuno zatvarali svoje kapije u periodima velikih epidemija. Neki od ovih karantinskih objekata nalazili su se u priobalnim oblastima, u blizini Dubrovnika i Kotora, odakle su trgovci često donosili robu, ali i potencijalne bolesti. U Dubrovniku je već 1377. godine uveden sistem karantina, koji je mogao imati uticaj i na srpske zemlje kroz trgovačke kontakte.
Iako su zarazne bolesti bile nezaobilazan deo života u srednjem veku, borba protiv njih oblikovala je tadašnje društvo, ostavljajući značajne posledice na demografsku sliku i istorijski razvoj srpskih zemalja. Gubici stanovništva izazvani epidemijama uticali su na ekonomiju, smanjenje radne snage i promene u feudalnim odnosima. Neka naselja se nikada nisu oporavila od posledica bolesti, dok su druga uspela da se prilagode novim uslovima. Istorijski podaci ukazuju na to da su pojedine oblasti Srbije, poput delova Raške i Kosova, pretrpele veći pad stanovništva zbog učestalih epidemija.
Danas, zahvaljujući napretku medicine, te pošasti su prošlost, ali njihov uticaj na istoriju ne može se zanemariti. Srednjovekovne epidemije su bile surove, ali su takođe podstakle razvoj medicinskih praksi, zdravstvenih mera i bolje razumevanje širenja zaraza, što je postavilo temelje za buduće generacije u borbi protiv bolesti.